في هذا الجزء الثالث من سلسلة "إكس-من"، تم إيجاد علاج للجين المسؤول عن الطفرة الموجودة في المتحولين، مما يعطي الخيار للمتحولين إما أن يحتفظوا بقدراتهم ويعيشوا في عزلة، أو أن يضحوا بقدراتهم ليصبحوا بشراً عاديين. يحاول البروفيسور تشارلز إكزافير (باتريك ستيوارت) أن يستخدم المفاوضات ليصل إلى حل وسط مع الحكومة، بينما يوشك ماجنيتو (إيان ماك كيلين) على بدء ثورة ضد كل البشر وإيقافهم من محاولة إبادة نوعهم مما يؤدي إلى حرب ستكون النهاية لكل الحروب.